Fourier-Transformationen können verwendet werden, um die Spektren der 2D-Signale zu analysieren. Umgekehrt können inverse 2D-Fourier-Transformationen auf 2D-Spektren angewendet werden, um 2D-Signale zu rekonstruieren. In OriginPro werden diskrete 2D-Fourier-Transformationen (2D-DFT) und ihre inversen Transformationen (2D IDFT) entsprechend mit Hilfe von schnellen Fourier-Algorithmen, 2D-FFT und 2D-IFFT, implementiert. Zusätzlich bietet OriginPro ein 2D-Korrelationshilfsmittel zum Erkennen von Ähnlichkeiten zwischen den 2D-Signalen.