ピーク解析
Peaks-and-Baseline
グラフ内のアクティブな曲線を指定したX範囲で積分
Xファンクションinteg1を使って、グラフ内のアクティブな曲線を指定したX範囲で積分します。
// このサンプルでは以下を行います:
// 1. ファイルインポート
// 2. グラフ作成
// 3. グラフ内の指定したX範囲で曲線を積分
// 新しいブックを作成してサンプルファイルをインポート
newbook;
string fname$ = system.path.program$ + "samples\curve fitting\multiple peaks.dat";
impasc;
// 1列目に対して4列目のデータを折れ線でプロット
plotxy iy:=(1,4) plot:=200;
// 3番目のピークがあるX範囲6.5から9.5の行インデックスを取得
int ix1=xindex(6.5,%c);
int ix2=xindex(9.5,%c);
// この範囲の曲線を積分し、結果を表示
range rr=(%c)[$(ix1): $(ix2)];
integ1 rr;
integ1.=;
ベースラインの減算とピークの積分
このサンプルでは、1つのファイルに対して処理しますが、複数ファイルでループするように修正して使用することもできます。
// このサンプルでは以下を行います:
// 1. ファイルをインポート
// 2. ベースラインの検索と減算
// 3. ピークの検索
// 4. 各ピークを積分
// 5. 各ピークの積分面積をサマリーシートに追加
//プロジェクトをクリアして空のスペースで開始
doc -s;doc -n;{win -cd};
// 複数ピークの分析結果を保存するための新しいブックを作成
newbook name:="Integ Peaks" sheet:=0;
string result$ = %h;
newsheet cols:=5 xy:="NXYXY" name:="Results";
// 全列の範囲を定義し、列に名前を付ける
range rFilename=1, rPkindex=2, rArea=3, rCenter=4, rHeight=5;
rFilename[L]$ = "File Name";
rPkindex[L]$ = "Peak Index";
rArea[L]$ = "Area";
rCenter[L]$ = "Center";
rHeight[L]$ = "Height";
// filename列の幅を広げる
wcolwidth irng:= col(1) width:=20;
// データファイルを指定
fname$= system.path.program$ + "Samples\Spectroscopy\Peaks with Base.dat";
newbook;// データ用の新しいブックを使用（結果用ブックとは異なる）
//impfile filtername:="ASCII.oif";
impASC;
// 最初の2列のみ使用
wks.ncols = 2;
range baseline=3;// col(1)のXを共有できるように、アンカーXYの前に配置
range subtracted=4;// ピーク検索、積分を行う減算データ
range -x anchors = (5,6);
//ピーク検索結果をいれる列
range pcenter=7, pleft=8, pright=9;
// ベースラインのアンカーポイントを検索して列5、6に入れる
blauto iy:=(1,2) oy:=anchors;
// 3次B－スプラインで補間して列5に入れる
interp1 ix:=1 iy:=anchors method:=spline ox:=baseline;
baseline[L]$="Baseline";
baseline[C]$="Interpolated from Found Anchor Pts";
//ベースラインを減算
subtracted = col(2) - baseline;
subtracted[L]$="Subtracted";
//ピーク検索
pkfind subtracted ocenter:=pcenter oleft:=pleft oright:=pright;
//各ピークでループして面積を求める
for(int ipeak = 1; ipeak <= pcenter.GetSize(); ipeak++)
{
int n1 = pleft[ipeak];
int n2 = pright[ipeak];
range rint = subtracted[$(n1):$(n2)]; // 積分するデータ範囲
double aa, x0, y0;
integ1 rint oy:=<optional> area:=aa x0:=xx y0:=yy;
rFilename[ipeak]$ = %(page.info.system.import.filename$);
rPkindex[ipeak] = ipeak;
rArea[ipeak] = aa;
rCenter[ipeak] = xx;
rHeight[ipeak] = yy;
}
ピークの検索と積分を複数のDSCファイルで行う
このサンプルでは、サンプルサブフォルダ内のすべてのファイルをループして処理し、サマリーシートを作成します。
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// このサンプルでは以下を行います:
// 1.拡張子dscのファイルをインポート
// 2.各データファイルをループし、ベースラインの検索と減算、
// ピークの検索、ピークの積分、異なるワークシートに積分面積などの結果を出力
// 3.ピークのインデックスでサマリーシートをソート
//
// このコードは、単独でアクセスできるように、セクション付きのOGS形式で記述されています。
// このコードを拡張子OGS付きのファイルとしてユーザファイルフォルダ内に保存してください。
// 実行するときは、run.section(filename,Main) で実行します。
// または、
// DIR *.OGS<Enter> と入力してOGSファイルのスキャンを行い、filename<Enter>と入力して実行します。
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[Help]
type Load one more files with dsc extension and then integrate area of each peak.;
type One argument : %1 = number of files to load, 0 to load all.;
[Main]
int nfiles = %1;
string LoadDSCogsPath$=system.path.program$ + "Samples\LabTalk Script Examples\LoadDSC.ogs";
%A=LoadDSCogsPath$;
if(!run.section(%A, Main, nfiles))
return 0;
// データはアクティブブックにロードされる
string dscBook$=%H;
if(dscBook.GetLength() < 1 )
{
type "new book " + dscBook$ + " is not valid";
return 0;
}
nfiles = page.nLayers;
// サマリーレポート用の新しいシートを作成して範囲を定義
newsheet cols:=8 xy:="LYYYYYYY" name:="Summary";
range rColName = 1, rIndex = 2, rCntrInd = 3, rLtInd = 4, rRtInd = 5;
range rArea = 6, rCntr = 7, rHt = 8;
rColName[L]$ = "Data Name";
rIndex[L]$ = "Peak Index";
rCntrInd[L]$ = "Peak Center Index";
rLtInd[L]$ = "Peak Left Index";
rRtInd[L]$ = "Peak Right Index";
rArea[L]$ = "Peak Area";
rCntr[L]$ = "Peak Center";
rHt[L]$ = "Peak Height";
for(int ii = 1; ii<= nfiles; ii++)
{
if(!run.section(, IntegOneData, $(ii)))
return 0;
}
page.active = $(page.nLayers);
dataset sbc = {2}; //最初のソート順のためにピークのインデックスを選択
dataset sodr= {1}; //昇順
wsort nestcols:=sbc order:=sodr; //ソートを実行
return 1;
[IntegOneData]
int sheet = %1;
page.active = $(sheet);
range rinput = $(sheet)!2;
string strData$ = rinput[C]$;
//ベースラインと減算データとために列を追加
wks.AddCol();
int n = wks.nCols;
range baseline = $(n);
baseline[L]$="Baseline";
baseline[C]$="Interpolated from Found Anchor Pts";
wks.AddCol();
n = wks.nCols;
range subtracted = $(n);
subtracted[L]$="Subtracted";
// ベースラインのアンカーポイントを検索
range -x anchors = (AnchorX, AnchorsY);
blauto iy:=rinput oy:=anchors;
// スプラインで補間
interp1 ix:=1 iy:=anchors method:=spline ox:=baseline;
//ベースラインを減算
subtracted = rinput - baseline;
//ピーク検索結果を入れる列
int nn = wks.ncols;
loop(cc, 1, 7)
{
wks.addcol();
}
//ピーク検索
range pindex = $(nn+1), pcenter= $(nn+2), pleft= $(nn+3), pright= $(nn+4), parea= $(nn+5), px = $(nn+6), py = $(nn+7);
pkfind subtracted ocenter:=pcenter oleft:=pleft oright:=pright;
// 各ピークをループして面積を計算
int nNumPeaks = pcenter.GetSize();
for(int ipeak = 1; ipeak <= nNumPeaks; ipeak++)
{
int n1 = pleft[ipeak];
int n2 = pright[ipeak];
range rint = subtracted[$(n1):$(n2)]; // 積分するデータ範囲
double aa, x0, y0;
integ1 rint area:=aa x0:=xx y0:=yy oy:=<optional>;
pindex[ipeak] = ipeak;
parea[ipeak] = aa;
px[ipeak] = xx;
py[ipeak] = yy;
// 現ピークの結果をサマリーシートにコピー
int irow = (($(sheet)-1)*$(nNumPeaks))+$(ipeak) ;
rColName[$(irow)]$ = rinput[C]$;
rIndex[$(irow)] = ipeak;
rCntrInd[$(irow)] = pcenter[ipeak];
rLtInd[$(irow)] = pleft[ipeak];
rRtInd[$(irow)] = pright[ipeak];
rArea[$(irow)] = parea[ipeak];
rCntr[$(irow)] = px[ipeak];
rHt[$(irow)] = py[ipeak];
}
pindex[L]$ = "Peak Index";
pcenter[L]$ = "Peak Center Index";
pleft[L]$ = "Peak Left Index";
pright[L]$ = "Peak Right Index";
parea[L]$ = "Area";
px[L]$ = "Center";
py[L]$ = "Height";
return 1;
PAのフィット結果を比較
一連のサンプルデータにPAを実行したあとに特定のピークのフィットを比較します。
（あらかじめZIPファイルをダウンロードして解凍し、ユーザファイルフォルダの\Themes\AnalysisAndReportTable\に保存してください。）
// このサンプルでは以下を行います:
// 1. 一連のdscファイルのインポート
// 2. ベースラインの自動検索と減算
// 3. テーマファイルからロードした設定でピークの検索とフィット
// 4.最初のシートに3番目のピークのフィット曲線をプロット
// 5.グラフセル下にこのピークの初期パラメータを追加
// 6.最後に、ソースデータの同じピークについて比較
path$ = system.path.program$ + "Samples\Spectroscopy\DSC\Data\";
newbook s:=1 result:=bkn$;
int nfrom =3;
int nto=5;
range ww = !;
ww.ncols = nto - nfrom + 1 + 1; //最初の列は変数リストのラベル
//比較変数のフォーマット
range rLabel = 1!1;
rLabel[1]$ = "Peak Curve";
rLabel[2]$ = "xc";
rLabel[3]$ = "A";
rLabel[4]$ = "w";
int ii;
loop(ii,nfrom,nto)
{
//1, 一連のファイルから2データファイルをインポート
ind$ = $(ii);
filename$ = "tcal"+ ind$ +".dsc";
file$ = path$ + filename$;
newsheet bkn$;
impfile file$ ;
//2, paスクリプトモードを実行して結果ワークシート名とレポートツリーを保存
aa$="(1,2)";
pa iy:=aa$ theme:=the3ndpeaks;
//3, 結果を取得して3番目のピークのプロットを作成
string pp, fitc, resid, peak3;
pp$ =__PEAK$;
fitc$ = __FITCURVE$;
resid$ = __RESIDUAL$;
getresults tr:=trRes iw:=__REPORT$;
//4, 3番目のピークをSheet1にプロットして比較
range r_peak = 1!$(ii-1)[1];
peak3$ = fitc$ + "(7,8)";
plotxy iy:=peak3$ plot:=200;
graphname$ = %H;
insertGraph gname:=graphname$ embed:=1 resizecell:=1 cell:=r_peak;
//5, ピーク情報を追加
range r_info = 1!$(ii-1)[2:4];
r_info[1] = trRes.Parameters.xc__3.Value;
r_info[2] = trRes.Parameters.A__3.Value;
r_info[3] = trRes.Parameters.w__3.Value;
}
page.active=1;
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