LabTalkによるピーク解析

Tutorial-Peak-Analysis

概要

このチュートリアルでは、ピーク分析でLabTalkを使用する方法を示します。

学習する項目

このチュートリアルでは、LabTalk スクリプトを使用して次のことを行う方法を説明します。

• ソースデータから行を減算
• 各データセットで高さが最大のピークを検索
• 高さが最大のピークについて面積高さ、FWHMを計算
• ピークに関する値のグラフを作成
• ピークアナライザーのテーマを作成し保存したテーマでバッチ処理を実行

ステップ

サンプル1: スクリプトでピーク分析

1. <Origin EXE folder>\Samples\GraphingのデータファイルWaterfall.dat を関連するインポートフィルタでワークブックWaterfallにインポートします。

2. // 新規ブックを作成し、Waterfallと名前付け（ロングネームとショートネーム両方）
   newbook name:="Waterfall" option:=lsname;
   // ファイル名とフィルタ名を定義
   string fname$ = system.path.program$ + "Samples\Graphing\Waterfall.dat";
   string filtername$ = "waterfall.oif";  
   // Xファンクションimpfileを使用して、インポートフィルタで指定ファイルをインポート
   impfile fname:=fname$ filtername:=filtername$ location:=data orng:=[Waterfall]1!;
   

3. ループとXファンクションsubtract_lineを使用して、エンドポイント接続の単純な基線を減算します。

4. // SubtractedDataという新しいシートを作成
   newsheet name:=SubtractedData;
   //新しく作成したワークシート(現在アクティブ)を範囲変数として定義
   range sdwk = !;
   //名前で "Waterfall" シートをアクティブ化
   page.active$ = "Waterfall";
   //Waterfallシートの列数を保持する整数を定義
   int nc = wks.nCols;
   
   //excitation wavelength = 600, 610, 620, 630 etcの列を検索
   //Xファンクションloopおよびsubtract_lineを使用して、ベースラインを減算
   //最初と最後のデータ ポイントが検出され、直線的に接続
   //この線をベースラインとしてソースデータから減算
   //減算されたデータは、ソース データのexcitation wavelengthの値で名前付け
   int nexc;
   loop(ii, 2, nc)
   {
           range ry = [Waterfall]Waterfall!col($(ii));
           int nWave = %(ry[D1]$);
           if (mod(nWave, 10)==0)
           {
                   nexc = nexc + 1;
                   range rx = [Waterfall]Waterfall!col(1);
                   range rr = [Waterfall]SubtractedData!(1,$(nexc));
                   subtract_line iy:=ry 
                   x1:=rx[1] /* 最初の点の X 値を指定*/
                   y1:=ry[1] /* 最初の点の Y 値を指定*/
                   x2:=rx[$(wks.maxRows)] /* 最後の点の X 値を指定*/
                   y2:=ry[$(wks.maxRows)] /* 最後の点の Y 値を指定*/
                   oy:=rr;
           //SubtractedDataシートの列のロングネームを変更
           //Waterfallシートでユーザ定義パラメータWavelengthを使用
            rr[L]$ = ry[D1]$;
            
            //次のループのために新しい列を追加
            wks.addcol();
           }
           else
           {
                   continue;
           }
   }
   

5. 概要レポート用の新しいシートを作成します。

6. // 要約レポート用の新しいシートを作成し、範囲を定義
   newsheet cols:=7 xy:="XYYYYYY" name:="Summary";
   range rWaveLength = 1, rCntrInd = 2, rLtInd =3, rRtInd = 4;
   range rArea = 5, rCntr = 6, rHt = 7, rFWHM = 8;
   rWaveLength[L]$ = "WaveLength";
   rCntrInd[L]$ = "Peak Center Index";
   rLtInd[L]$   = "Peak Left Index";
   rRtInd[L]$   = "Peak Right Index";
   rArea[L]$    = "Peak Area";
   rCntr[L]$    = "Peak Center";
   rHt[L]$      = "Peak Height";
   rFWHM[L]$         = "FWHM";
   

7. 高さ最大のピークに関する値を計算するには、 pkfind Xファンクションで最大ピークを見つけてから、integ1 Xファンクションでそれぞれの値を計算する必要があります。

8.  // SubtractedDataシートをアクティブにする
   page.active$="SubtractedData";
   
   //見つかったピークの一時的な結果を出力する列を追加
   loop(cc, 1, 2)
   {
       wks.addcol();
   };
   
   loop(ii, 2, nexc)
   { 
           //最大ピーク
           range rData = col($(ii));
           range pcenter= $(nexc+1), pleft= $(nexc+2), pright= $(nexc+3);
           pkfind rData filter:=num value:= 1 ocenter:=pcenter oleft:=pleft oright:=pright; //最大ピークを検索
   
           //一時列の結果を概要シートにコピー
           wrcopy iw:=SubtractedData ow:=Summary c1:=nexc+1 c2:=nexc+3 r1:=1 r2:=1 dc1:=2 dr1:= ii-1;
           
           //integ1で最大ピークに関する値を出力
           int n1 = pleft[1]; //ピーク左インデックスを指定
           int n2 = pright[1]; //ピーク右インデックスを指定
           range rint = rData[$(n1):$(n2)]; // 積分のデータ範囲
           double aa, cc, hh, fw; 
           integ1 iy:=rint area:=aa x0:=cc y0:=hh dx:=fw oy:=<optional>;
           //概要シートに値を出力
           rArea[$(ii-1)] = aa;
           rCntr[$(ii-1)] = cc;
           rHt[$(ii-1)] = hh;
           rFWHM[$(ii-1)] =fw;
           //計算されたデータのロングネームを概要シートにコピー
           rWaveLength[$(ii-1)] = %(rData[L]$);
   }
   

9. Xファンクションplotxyを使用して、励起波長の値のグラフを作成します。

10. // excitation wavelengthに関する値のグラフを作成
    plotxy iy:=(rWaveLength, rArea) plot:=202 ogl:=[<new>];
    plotxy iy:=(rWaveLength, rHt) plot:=202 ogl:=[<new>];
    plotxy iy:=(rWaveLength, rFWHM) plot:=202 ogl:=[<new>];
    

サンプル2: 事前保存したテーマでバッチ処理を実行

1. <Origin EXE folder>\Samples\Batch Processingフォルダにある事前に用意されたテーマファイル0-PA-BatchPA.oisをOriginにドラッグ&ドロップします。
2. ピーク分析用のデータを含むプロジェクトファイルを開きます。

3. // Originのプロジェクトファイルを開く
   string fname$ = system.path.program$ + "Samples\Batch Processing\Batch Peak Analysis.opj";
   doc -o %(fname$);   //  ''document -open''の略
   

4. 事前保存されたテーマを使ってXファンクション pamultiYでピーク分析のバッチ処理を実行します。

5. paMultiY iy:=2:end theme:="BatchPA" append:=4 dataid:="My Parameter";